按照该病的病因病机，中医认为大致可区分为实证与虚证两方面来进行治疗，其中外感风热、心脾积热、脾胃热盛等均属于实证范畴，而胃阴不足、脾胃虚寒、肾阳不足等均属于虚证范畴。

穴位贴敷、艾灸、针刺、推拿等外治法也是治疗口腔黏膜病的有效方式。对于心脾积热型小儿疱疹性口腔炎，有医者在运用清脾泻热汤基础上使用由桃仁、杏仁、山栀子调制成的药糊于睡前敷贴涌泉穴，且加用清脾胃、清天河水、清小肠等推拿手法，结果显示治疗总有效率明显提升，并且患者疼痛感缓解、食欲改善更为显著。